Родился 28 августа 1911 года в Воронеже в семье рабочего. В 1929 поступает в Высший художественно-технический институт в Ленинграде (Вхутеин). В 1930 переведен в Полиграфический институт в Москве. В 1935 оканчивает Московский институт изобразительных искусств. В годы учебы наибольшее влияние оказали Л.Г. Бродаты (в Ленинграде) и В.А. Фаворский (в Москве). Начинает работать в области сценографии. Участвует в исполнении декораций по эскизам Фаворского к спектаклю Ж. Дюваля «Мольба о жизни» для МХАТа-2 (совместно с Ю. Павильоновым и Г. Кравцовым). В 1936 участвует в бригаде Фаворского по росписи плафона в Московском Доме пионеров и октябрят. В течение года был редактором журнала «Колхозные ребята». Женится на Антонине Лобасовой (инженер-полиграфист, 1913–1964). В 1937 вместе с И. Поляковым участвует в оформлении по эскизам Фаворского «Пушкинского спектакля» в Театре им. МОСПС, по эскизам А.Д. Гончарова — спектакля по пьесе А. Островского «Без вины виноватые» для Театра им. Евг. Вахтангова. С этого же года и до начала 1940-х выступает в роли иллюстратора детских книг и журналов «Дружные ребята», «Затейник», «Пионер», пишет маслом натюрморты. С 1937 по 1964 регулярно ведет дневник; на его основе осуществлено издание: В.Н. Вакидин. Страницы из дневника. М.: «Советский художник», 1991. С 1938 по 1940 принимает участие в художественном оформлении павильонов Всесоюзной сельскохозяйственной выставки. В 1939 становится членом Московского союза художников (МОССХ). В 1940 восстанавливает вместе с Н. Дюкаловой и О. Розенблатт декорации Фаворского к спектаклю «Собака на сене» в Московском театре Революции; пишет декорации для спектакля «Дворянское гнездо» по эскизам А. Гончарова и И. Полякова для Театра им. Ленсовета (совместно с И. Поляковым, В. Чернецовым, А. Коджаком). В 1941–1942 оформляет книги в издательстве «Советский писатель». Делает шрифтовые композиции для Гослитиздата, начинает заниматься автолитографией. По состоянию здоровья призван в 1943 к нестроевой службе. В 1943–1944 лечится в военных госпиталях Москвы, создает серию портретных рисунков раненых и больных. В 1944–1945 принимает участие в работе Мастерской монументальной живописи при Академии архитектуры СССР по росписи плафонов жилого дома Министерства обороны на Пионерских прудах. С 1945 регулярно рисует с натуры московские пейзажи, годом позже делает зарисовки рабочих на заводах и в общежитиях. В 1947 начинает оформлять журнал «Вокруг света», в конце года проводит свой первый творческий вечер в Литографской мастерской МОССХа с показом работ. С этого же времени периодически совершает плодотворные поездки: в Гурзуф (1947), в Ленинград (1951, 1954), в Бердянск (1952), в Батурин вместе с А. Коджаком (1953), в Хосту (1955), по городам ГДР (1957), в Дзинтари (1964), в Воронеж (1973), в Италию (1978). С 1958 регулярно выезжает в Подмосковье на графический пленэр. В 1958–1961 активно занимается живописью и графикой в подмосковной Истре. С 1947 по 1962 оформляет книги в Гослитиздате, а в 1949–1963 в Издательстве иностранной литературы. В 1953 читает курс лекций и ведет практические занятия по искусству оформления книги и рисунку в Институте картографии в Москве. С 1953 при поддержке В.А. Фаворского начинает заниматься ксилографией; постепенно увлекается экслибрисом и разрабатывает жанр миниатюрной гравюры. В 1958 проходит межсекционная «Выставка произведений художников В.Н.Вакидина (графика), А.Е.Зеленского (скульптура), Е.А.Малеиной (живопись), Н.А.Удальцовой (живопись), В.Б.Эльконина (монументальная живопись)». В 1961 получает мастерскую для работы, осваивает технику линогравюры, а с 1963 начинает регулярно рисовать натюрморты. В 1965–1966 создает серию рисунков «Больничные натюрморты» во время лечения в больнице. В 1970 — начале 1980-х активно занимается станковым рисунком с натуры в жанрах пейзажа, портрета, натюрморта, «ню», продолжает работать в техниках литографии, ксилографии и линогравюры. В 1978 проходит персональная выставка в Москве; часть работ приобретают СХ СССР, Государственная Третьяковская галерея, Музей истории и реконструкции Москвы. В 1986 тяжело заболевает и в последние годы уже не работает. Большое число произведений передает в дар ГТГ, ГРМ, областным музеям и музею родного города Воронеж. Скончался 19 ноября 1991 года в Москве, похоронен на Николо-Архангельском кладбище. В 2002 состоялась персональная выставка в офортной студии им. И.И. Нивинского в Москве.